Die seit 1992 bestehende Bibliothek des Zentrums ist als wissenschaftliche Spezialbibliothek für die Forschungsschwerpunkte des Zentrums konzipiert und konzentriert sich auf die Beschaffung von Neuerscheinungen zu historischen, ethnologischen und politikwissenschaftlichen Themen der Länder des Nahen Ostens, Afrikas, Eurasiens, Süd- und Südostasiens. Neben dem Neubestand von ca. 40.000 Buchtiteln umfasst der Katalog auch einen Altbestand von Nachlässen, Schenkungen und Dauerleihgaben, beispielsweise von der Teilbibliothek Akademie der Wissenschaften der DDR, dem Islamwissenschaftler Fritz Steppat, dem Nahost-Historiker Gerhard Höpp, dem Indologen Horst Krüger, dem Afrika-Historiker Jürgen Herzog sowie dem Zentralasien-Historiker Reinhard Eisener.
Die Sondersammlung des ZMO umfasst Forschungsmaterialien, die überwiegend im engen Zusammenhang mit der Geschichte des Instituts und dem Übergang von der Akademie der Wissenschaften (Berlin Ost) zum jetzigen Leibniz-Institut stehen. Sie umfasst teilweise einzigartiges Archivmaterial zu afrikanischen und asiatischen Ländern, teilweise Dokumente, die für die Wissenschaftsgeschichte des geteilten und vereinigten Deutschlands von Bedeutung ist.