Das ZMO ist eng in die Berliner Forschungslandschaft eingebunden. Über zwei Professuren (in Islamwissenschaft und Anthropologie) besteht die engste Verbindung zur Freien Universität Berlin. Das Zentrum beteiligt sich an eine Reihe von kollaborativen Projekten, insbesondere der Berlin Graduate School Muslim Cultures and Societies sowie einem Leuchtturmprojekt der Berlin University Alliance. Wissenschaftler*innen des Zentrums unterrichten an unterschiedlichen Berliner Universitäten sowie international.
Darüber hinaus bestehen über unterschiedliche Forschungsprojekte Kooperationsvereinbarungen mit Instituten der Leibniz-Gemeinschaft sowie deutschen und internationalen Universitäten, und auch in den Forschungsregionen selbst. Zusätzlich verfügt das ZMO über ein langjährig gewachsenes Netzwerk wissenschaftlicher Kontakte im In- und Ausland sowie über eine Vielzahl von informellen Kooperationen.
Das Zentrum versteht sich als wichtige Anlaufstelle für ausländische Forschende, deren Arbeit und Vernetzung in Deutschland es unterstützt. Es nimmt regelmäßig internationale Fellows – und immer wieder auch besonders ausgezeichnete Preisträger – der Alexander von Humboldt-Stiftung, des DAAD, sowie der wichtigsten deutschen und europäischen Stiftungen auf. 2023 belegte das ZMO (als Teil der GWZ) im Humboldt-Ranking der Geistes- und Sozialwissenschaften den ersten Platz in Deutschland.