Die seit 1992 bestehende Bibliothek des Zentrums umfasst ca. 85.000 Bände und bezieht ca. 60 laufende Zeitschriften. Sie ist als wissenschaftliche Spezialbibliothek für die Forschungsschwerpunkte des Zentrums konzipiert und konzentriert sich auf die Beschaffung von Neuerscheinungen zu historischen, ethnologischen und politikwissenschaftlichen Themen der Länder des Nahen Ostens, Afrikas, Eurasiens, Süd- und Südostasiens. Besonderes Gewicht wird auf Aktualität und Schnelligkeit bei der Beschaffung, sowie auf Veröffentlichungen gelegt, die in den betreffenden Ländern selbst erschienen sind. Alle Bücher und Zeitschriften sind im Gemeinsamen Bibliotheksverbund (GBV) sowie in WorldCat verzeichnet. Der seit Bibliotheksgründung erworbene Neubestand an Zeitschriften umfasst 292 Titel, die über den Online-Katalog sowie über die Zeitschriftendatenbank (ZDB) erfasst sind. Neben den derzeitigen Abonnements an Print-Zeitschriften bezieht die Bibliothek zahlreiche Online-Zeitschriften, verfügt über 7672 Mikrofiches, 556 Mikrofilme und einige Videokassetten bzw. DVDs.
Neben dem Neubestand von ca. 40.000 Buchtiteln umfasst der Katalog auch einen Altbestand von Nachlässen, Schenkungen und Dauerleihgaben, beispielsweise von der Teilbibliothek Akademie der Wissenschaften der DDR, dem Islamwissenschaftler Fritz Steppat oder dem Afrika-Historiker Jürgen Herzog. Zwei Büchersammlungen haben den Bestandsaufbau in besonderem Maße geprägt. Zunächst wurden von der Berlin-Brandenburgischen Akademie ca. 10.000 Bände Monographien und 297 Zeitschriftentitel aus der Teilbibliothek für Deutsche und Allgemeine Geschichte der ehemaligen Akademie der Wissenschaften der DDR zur Orientalistik als Dauerleihgabe übernommen. Der zweite bedeutende Zuwachs entstand mit der Fritz und Gertraud Steppat-Schenkung im Umfang von ebenfalls ca. 10.000 Bänden an überwiegend arabischsprachigen Monographien sowie an Zeitschriften. Mit der Teilbibliothek der ehemaligen Akademie der Wissenschaften der DDR gelangten auch (z. T. arabische) Manuskripte in die Bibliothek des ZMO, u. a. eines aus dem Bereich islamisches Recht: ﻣﹸﺤﹶﻤﱠﺪﹲ ﻋﹶﻼﹶﺀﹸ ﺁﻟﹾﺪﱢﻳﻦﹺ ﺑﹾﻦﹺ ﻋﹶﻠﹺﻲﱢ ﺁﻟﹾﺤﹶﺴﹾﻜﹶﻔﹺﻲﱢ ﺁﻟﹾﺤﹶﻨﹶﻔﹺﻲﱢ ﺁﻟﹾﻌﹶﺒﱠﺎﺴﹺﻲﱢ : ﺧﹸﻼﹶﺻﹶﺔﹸ ﺁﻟﹾﻔﹸﺮﹸﻭﻉﹺ Muḥammad ʿAlāʾ-ad-Dīn Ibn-ʿAlī al-Ḥaskafī al-Ḥanafī al-ʿAbbāsī : Ḫulāṣat al-furūʿ. Das Werk wurde im Jahre 1071 der Hiǧra (1660 n.Chr.) abgefasst und trägt die Signatur 83/731. Ergänzend zu der genannten Identifikation siehe das Kolophon.
Weitere wertvolle, private Büchersammlungen, die in den Katalogbestand aufgenommen wurden, stammen von: Petra und Joachim Heidrich (Sozialgeschichte modernes Indien), Jakob Rösel (Pakistan, Sri Lanka und Indien), Peter Sebald und Trutz von Trotha (Togo), Wolfgang Zielke (Tansania), Dina Wilkowsky (Zentralasien), Reinhard Eisener (russisches, tadschikisches und usbekisches Schrifttum zu Zentralasien), Werner Ende (Wahhābīya, Zwölferschia), Harald Vocke (Libanon, Golfstaaten), Rudolf Schmidt (Türkei, Afghanistan), Klaus Kreiser (Geschichte von Edirne), Rainer Glagow (Islamwissenschaft), Heinz Albach (Islamische Revolution in Iran), Friedhelm Hoffmann (arabische Forschungsliteratur, Maghreb), Bettina Gräf (Rechtsgelehrter Yūsuf ʿAbdallāh al-Qaraḍāwī), ʿĀdil Fraiǧāt (vollständige Serien arabischer Zeitschriften), Jane Dulfaqar (Hassan Dulfaqar, Irak), Volker Perthes (vollständige Serien arabischer Zeitschriften), Götz Nordbruch (arabische Forschungsliteratur, Zeitgeschichte), dem Sultan Qaboos Higher Centre (aktuelle Publikationen aus Oman), Gerdien Jonker (Muslime und Deutsche), Semaan Harik (Filmwissenschaft, Libanon), Karl Fischer (Südasien), Chanfi Ahmad (Islam in Afrika), Steffen Wippel (Fachzeitschriften zu Ökonomie in arabischen Staaten) sowie Ahmed Badawi (Palästina). Alle Publikationen (bis auf einzelne neu hinzugekommene Titel) sind im Online-Katalog erfasst.
Die Bibliothek verfügt auch über eine Reihe historisch bedeutender, vor allem arabischsprachiger Zeitungen.